當身體裡面有腫瘤，會過量地分泌一些蛋白質，可以借助這些蛋白質的水平(癌症指數)評估患癌的機會以及治療之後的病情跟進。
現時有很多種癌症指數檢查，適用於不同癌症，其中3種比較常用的包括：
肝癌會過量地釋放這種蛋白質，例如乙型肝炎帶菌者，患肝癌的風險遠高於非帶菌者，但醫生一般不會替乙型肝炎帶菌者定期抽肝組織檢查，而定期檢查AFP就簡單得多。若患者的AFP指數很高，例如超過500，醫生可以判斷病人肝臟裡可能有惡性腫瘤。
和甲類胎兒蛋白是同一相似，是由前列腺所分泌的一種蛋白質。當男性年紀愈大，前列腺特異抗原有機會逐漸上升。年紀愈大或前列腺出現肥大，前列腺特異抗原也會比正常為高，但如果高於20，甚至超越100，前列腺癌機會較高。
癌胚胎抗原很多時會在腺癌類病人身上發現，例如肺癌和腸癌，都會用癌胚胎抗原作為參考的癌症指數。
癌症指數一般都是驗血就可以得知，很多時市民在坊間做身體檢查，檢測出癌症指數高的時候，醫生會開始警覺，並和患者商議安排做進一步的檢查，例如甲類胎兒蛋白高的話，可能會安排患者做超聲波、電腦掃描；如果前列腺特異抗原高，醫生會安排抽取前列腺組織化驗；癌胚胎抗原高的話，醫生會安排病人做大腸內窺鏡檢查、胸部掃描等等，這些都是根據癌症指數高而作出進一步檢查以確定身體裡面是否有腫瘤的情況。
但如果身體檢查的時候這些癌症指數的水平是正常的話，其實也不代表等沒有癌症，所以癌症指數並不是百分百的，必須結合其他情況通過和醫生診斷。